总分机构在计算缴纳印花税时，应注意以下问题，避免误缴印花税。
分支机构属于总机构的下设机构，其资金来源属于总机构的内部往来款，不属于股东的投资，其资金来源在会计处理上应该列支往来款而不是“实收资本”，也不存在“资本公积”。因此，分支机构无需申报缴纳“记载资金账簿”税目的印花税。总分机构之间的拨款，总机构列支“其他应收款”，不列支“长期股权投资”，如下：
分支机构收到总机构的拨付资金，列支“其他应付款”，不列支“实收资本”，如下：
2、总分机构、分分机构之间的资金往来，不申报缴纳“借款合同”税目的印花税 2.1、如上所述，总分机构之间的资金往来，属于同一法人企业内部机构间的资金调拨，不属于借款，无需依照“借款合同”税目缴纳印花税；2.2、“借款合同”税目的印花税，指的是银行及其他金融组织和借款人（不包括银行同业拆借）所签订的借款合同，总分机构间的资金往来，不涉及银行及其他金融组织，无需依照“借款合同”税目缴纳印花税。；3、总分机构、分分机构之间的商品、财产调拨等行为，不申报缴纳“购销合同”、“产权转移书据”等税目的印花税如果纳税人在总分机构、分分机构之间的商品调拨、财产转移等行为发生时，分别确认了彼此的会计收入及成本，在计算缴纳印花税时，也应将其剔除，避免缴纳了不应该缴纳的印花税。
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