《个人所得税法》第九条规定，个人所得税以所得人为纳税人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人。
这个规定，基本解决了90%以上的扣缴义务人的认定，但在实务中，还有一些情况，还是让人难以判定。
比如：北京总公司统一做促销活动，上海分公司专门招聘了兼职的促销员，促销的工作量由上海分公司统计，促销的单日工资由北京总公司确定，统一支付。促销员的工资的个人所得税由北京总公司还是上海分公司扣缴呢？这种情况下，扣缴义务人如何确定就有些扑簌迷离了。不过，别着急，有一个专门的文件就是说这个事情的。国税函[1996]602号第三条规定，关于扣缴义务人的认定扣缴义务人的认定，按照个人所得税法的法规，向个人支付所得的单位和个人为扣缴义务人。由于支付所得的单位和个人与取得所得的人之间有多重支付的现象，有时难以确定扣缴义务人。为保证全国执行的统一，现将认定标准法规为：凡税务机关认定对所得的支付对象和支付数额有决定权的单位和个人，即为扣缴义务人。很多纳税人看到这个规定，感觉问题解决了。但事实上，这只是把难题交到了税务机关手中，税务人员遇到这个问题，该如何认定？更进一步需要考虑，应该由哪个税务机关来认定？是北京的税务机关还是上海的税务机关？从上述情况看，促销员的工资是由工作量和单日工资相乘，北京总公司和上海分公司各决定其中一个变量，如果北京和上海税务机关认定自己所管辖的公司对支付数额有决定权，其实都有道理。税务文件看似很多，具体到形形色色的实务问题，依然显得力不从心。所以实务中需要从行政合理性的角度来考虑，遇到问题如何解决更为合理。这种情况下，应该如何处理呢？我个人认为，可以结合企业所得税的税前扣除来考虑，根据国税函[2009]3号规定：企业对实际发放的工资薪金，已依法履行了代扣代缴个人所得税义务。既然企业所得税税前扣除工资薪金，需要履行代扣代缴个人所得税的义务，那么哪个公司的财务核算列支“工资薪金”这笔费用，就确定哪个公司来扣缴个人所得税是比较合适的。我们再来看一个常见的多重支付的例子。根据《保障农民工工资支付条例》（国令第724号）从2020年5月1日开始，建筑企业总包公司应该代发分包单位民工工资。具体规定是这样的：《保障农民工工资支付条例》第三十一条规定，分包单位应当按月考核农民工工作量并编制工资支付表，经农民工本人签字确认后，与当月工程进度等情况一并交施工总承包单位。施工总承包单位根据分包单位编制的工资支付表，通过农民工工资专用账户直接将工资支付到农民工本人的银行账户，并向分包单位提供代发工资凭证。这种情况下，农民工工资的扣缴义务人是总包公司还是分包公司？
根据上面的流程可以判断，农民工工资是由分包单位按月考核农民工工作量并编制工资支付表，交给总包方代为发放的。分包单位对农民工的数额有决定权，应该由分包单位扣缴个人所得税。另外，从会计处理中也可以做出判断，总包单位代付的工资，在会计核算中并不是以工资薪金列支，而是分包单位开具发票给总包单位，以工程款列支。以“工资薪金”项目税前列支的，是分包单位。所以，应该由分包单位扣缴个人所得税。
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