我找到方法了！智能转存方案勾选了【修改、删除源凭证后同步更新转存凭证（锁定转存凭证）】后，执行转存，如果要删除已经转存的凭证，需要将相应的凭证转存方案的【修改、删除源凭证后同步更新转存凭证（锁定转存凭证）】取消勾选保存后，就可以删除转存的凭证了。