应收应付对冲问题处理方式询问

各位大侠，我遇到客户一个应收冲应付的问题，请假下各位：
版本 ：EAS750
业务情况：产销一体的集团型企业，内部公司的往来账比较多，同时，每个财务组织每月的交易量也很多，因此，客户做收款单时，采用手工新增收款单的方式，收款类型不区分“销售回款”与“预收款”，全部做为“销售回款”。同时集团公司制度规定，为方便应收数据统计，所有内部关联企业的应收账款余额全部转到应付账款科目中。
问题：在系统中做完应收冲应付的结算业务后，仍会有应收账款余额，区分为两种方式：一、应收账款借方余额（即应收单有未结算金额）；二、应收账款贷方余额（即收款单有未结算金额）；
第一种情况咨询总部后处理方式为，做应收单“转预付”，系统自动生成一张付款单（类型为预付款），该单据生成凭证后，应收系统期末对账平衡；
问题是第二种情况系统是否有系统处理的方式？

目前系统中是用土方法进行结转，判断应收的余额方向，然后做对应的单据，通过中间过渡科目进行平衡，这种方法客户认为比较繁琐，而大量的过渡科目凭证也增加了审计的工作量；尝试通过凭证指定方法，发现凭证指定后，可以查到上下游关系，但是期末对账会出现不平。

求教！