关于业务与总账对账的问题

不理解理论上说的操作方法。出、入库类单据并不是所有单据都需要生成凭证的。现在以库存商品这个科目为例子， 这个科目的总账借方发生额一般是由采购发票（借：库存商品 借：应交进项税 贷：应付账款）生成凭证产生的，贷方发生额一般是销售出库单（借：主营业务成本，贷：库存商品）生成凭证产生的。（1）那当仓存>总账时，客户需要生成凭证的单据已经生成了凭证，其余单据就没有生成凭证。那这样产生的差异要怎么处理? （2）仓存<总账时，有些业务会计是要手工录入凭证的，比如盘亏单，　批准处理前：
　　借：待处理财产损溢——待处理流动资产损溢 20000
　　　　 贷：原材料 20000
　　　批准处理后：
　　借：原材料 800
　　　　贷：待处理财产损溢——待处理流动资产损溢 800
　　借：其他应收款 11600
　　　　贷：待处理财产损溢——待处理流动资产损溢 11600
　　借：营业外支出 7600
　　　　贷：待处理财产损溢——待处理流动资产损溢 7600
这样的分录如果用业务模板生成凭证的话比较麻烦，直接录凭证比较合适。
总之，我感觉业务和总账的仓存数据很容易出现差异。让客户去找哪些单据未生成凭证，他也回复所有需要记账的都已经记账了。请伙伴们多指导，本人对软件不太熟悉，谢谢。