退料和入库的发票一起开的情况如何处理、？

（环境：5.0版本 6月19号补丁）业务场景：应付单和应收单确认应付和应收。发票来了以后，系统里做应付单和发票，应付单和发票数量金额一致。
无源单采购退料并扣款 A 10个，价税合计100；后来采购入库 B 100个 计税合计 1000；供应商开票900。实际要付款给供应商900。由于供应商没有开具红字发票，所以不能在系统中作红字发票，这种情况在系统中如何处理？
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【步骤】： 和单价是有关系的，按照您的指导：1.入库应付物料380002 数量1000 含税单价5.69 价税合计5690，退料应付物料380003 数量-300 含税单价3 价税合计-900. 2 .实际开票数量700 含税单价6.842857 价税合计4790. 3.系统会自动产生一张应付单价税合计=（6.842857-5.69）*700=807. 4.再手工去做应付开票特殊核销 入库应付剩余的数量300与退料的300核销 金额900 5.特殊核销完毕系统会自动产生两张应付单 价税合计 -1707 和900。 5.付款申请必须选择入库的应付单5690+（-1707）=3983和步骤3中系统自动产生的应付单807一起下推才是实际应付金额=4790
【问题】1.操作人员如何知道都有哪些应付单要付款？同一个供应商也会有很多应付，不能手工算完了再在系统里找到这些应付单吧
2.由于是应付单确认应付，都是发票到了以后在系统里应付单和发票和付款申请一起做，应付开票特殊核销与付款的时间节点很难平衡