应付确认方式问题

我的问题是，如果来发票没有来分两种情况：第一种，如果该供应商就是没有发票，则按照应付单上的价税合计确认应付 生成应付凭证；这没有问题。 第二种，就是该供应商会来发票，但本月发票还没有到，如果不到 则不能确认应付 （本月可以不生成应付凭证）
我想问的是到第二月发票来的时候，由于上月的应付单（上月还没有来发票的）本月不能生成应付凭证，那我如何来确认应付账款呢。第二月，这部分的能否按照实际来的采购发票确认收入？
我解决思路是：
1、应付单增加个单据类型或者其他标识，区分开哪些应付单是应该开票哪些应付单是不用开票的。
2、在设置应付单凭证模板时分类条件中指定是不用开票的应付单，即只有这部分应付单需要生成凭证。
3、发票凭证模板则不需特意去指定什么条件了，正常做分录即可。即应该开票的部分是由发票来确认应付。


但是问题来了：
1、现在客户的帐套是按照应付单确认应付，按照上面说的，应该还有按采购发票确认应收的。这两种方式在系统里可以同时存在吗？ 该如何设置

2、我在凭证模板设置里没有找到发票模板，发票生成应付凭证，这该怎么做？


最后，请老师们看看，这该如何处理。