清除零库存记录功能异常

我们使用清除零库存记录功能的过程如下：
1.开始使用时（8月26正式使用）启用了选项2，每次清除大约几百条数据（大约15天使用一次），清除的数据为通过批号主档查不出来源的数据；
2.10月15日我们再次使用清除功能时，突然发现清除约50万数据，通过库存查询未查到数量为0的物料；
3.这种情况下我们把启用选项2改为启用选项1；
4.修改后每次启用选项1清除数据约48万；

发现问题后我们测试过程遇到的问题和困惑有：
1.清除数剧为48w，即时库存可查询数据只有8w左右，怀疑清除的有问题；
2.清除后我们提取物料收发明细，物料收发明细表中有关联业务的物料（例如有入库单和领料单）但在即时库存查不到；即时库存校对后可以查到；
3.直接使用清除零库存功能和通过调用清除的数据量有差别（用的都是选项1）；
4.我们对选项1的理解为只会清除通过批号主档查不到来源和去向的数据（例如某物料入库后在未领料前删除采购入库单）；
5.可否给我们一份清除零库存功能的详细方案（例如执行时查那些单据，怎么查找）；