财政部 税务总局 海关总署公告2019年第39号《财政部 税务总局海关总署关于深化增值税改革有关政策的公告》：纳税人购进农产品，原适用10%扣除率的，扣除率调整为9%。纳税人购进用于生产或者委托加工13%税率货物的农产品，按照10%的扣除率计算进项税额。公告自2019年4月1日起执行。
新政发布后，总局进行了若干次官方答疑，其中有关农产品扣除率的问题有以下十一个典型问题：
1. 增值税一般纳税人购进农产品（未采用农产品增值税进项税额核定扣除试点实施办法），可凭哪几种增值税扣税凭证抵扣进项税额？
答：增值税一般纳税人购进农产品，可凭增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书、农产品收购发票或销售发票抵扣进项税额。
2. 增值税一般纳税人购进农产品，取得流通环节小规模纳税人开具的增值税普通发票，能否用于计算可抵扣进项税额？
答：增值税一般纳税人购进农产品，取得流通环节小规模纳税人开具的增值税普通发票，不得计算抵扣进项税额。
3. 增值税一般纳税人从批发、零售环节购进适用免征增值税政策的蔬菜而取得的普通发票，能否作为计算抵扣进项税额的凭证？
答：增值税一般纳税人从批发、零售环节购进适用免征增值税政策的蔬菜而取得的普通发票，不得作为计算抵扣进项税额的凭证。
4. 增值税一般纳税人(农产品深加工企业除外)购进农产品，从小规模纳税人取得增值税专用发票的，如何计算进项税额？
答：增值税一般纳税人购进农产品，从按照简易计税方法依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税专用发票的，以增值税专用发票上注明的金额和9%的扣除率计算进项税额。
5. 增值税一般纳税人(农产品深加工企业除外)购进农产品，取得（开具）农产品销售发票或收购发票的，如何计算进项税额？
答：增值税一般纳税人购进农产品，取得（开具）农产品销售发票或收购发票的，以农产品销售发票或收购发票上注明的农产品买价和9%的扣除率计算进项税额。
6. 生活服务业纳税人同时兼营农产品深加工，能否同时适用农产品加计扣除以及加计抵减政策？
答：按照《财政部 税务总局 海关总署关于深化增值税改革有关政策的公告》（财政部 税务总局 海关总署公告2019年第39号）的规定，提供生活服务的销售额占全部销售额的比重超过50%的纳税人，可以适用加计抵减政策。该纳税人如果同时兼营农产品深加工业务，其购进用于生产或者委托加工13%税率货物的农产品，可按照10%扣除率计算进项税额，并可同时适用加计抵减政策。
7、我公司是增值税一般纳税人，购进的农产品既用于生产13%税率的货物又用于生产销售其他货物服务，目前未分别核算。请问可以按照10%的扣除率计算进项税额吗？
答：不可以。按照《财政部 税务总局关于简并增值税税率有关政策的通知》（财税〔2017〕37号）规定的原则，纳税人购进农产品既用于生产13%税率货物又用于生产销售其他货物服务的，需要分别核算。未分别核算的，统一以增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额为进项税额，或以农产品收购发票或销售发票上注明的农产品买价和9%的扣除率计算进项税额。
8、纳税人2019年3月31日前购进农产品已按10%扣除率扣除，2019年4月领用时用于生产或委托加工13%税率的货物，能否加计抵扣？如果能，可加计扣除比例是2%还是1%？
答：2019年4月1日以后，纳税人领用农产品用于生产或委托加工13%税率的货物，统一按照1%加计抵扣，不再区分所购进农产品是在4月1日前还是4月1日后。
9、税收政策规定，纳税人购进用于生产13%税率货物的农产品，按照10%的扣除率计算进项税额。我公司未纳入农产品增值税进项税额核定扣除试点，主要生产13%税率货物，请问2019年4月1日后购进的农产品，能否在农产品购入环节直接抵扣10%进项税额？
答：不能在购入环节直接抵扣10%进项税额。根据现行增值税政策规定，2019年4月1日后，纳税人购进农产品，在购入当期，应遵从农产品抵扣的一般规定，按照9%计算抵扣进项税额。如果购进农产品用于生产或者委托加工13%税率货物，则在生产领用当期，再加计抵扣1个百分点。
10、我公司未纳入农产品增值税进项税额核定扣除试点，从小规模纳税人处购进农产品取得的增值税专用发票，用于生产13%税率的货物，请问可以按10%的扣除率计算进项税额吗？
答：可以。39号公告第二条规定，纳税人购进用于生产或者委托加工13%税率货物的农产品，按照10%的扣除率计算进项税额。你公司从小规模纳税人购进农产品取得的3%征收率的增值税专用发票，用于生产13%税率的货物，符合上述规定的，可以根据规定程序，按照10%的扣除率计算抵扣进项税额。
11、我公司适用农产品增值税进项税额核定扣除办法，请问2019年4月1日以后，购进农产品适用的扣除率是多少？
答：《农产品增值税进项税额核定扣除试点实施办法》（财税〔2012〕38号印发）规定，农产品增值税进项税额扣除率为销售货物的适用税率。39号公告第一条规定，增值税一般纳税人发生增值税应税销售行为或者进口货物，原适用16%税率的，税率调整为13%；原适用10%税率的，税率调整为9%。上述规定自2019年4月1日起执行。因此，2019年4月1日以后，如果你公司销售的货物适用增值税税率为13%，则对应的扣除率为13%；如果销售的货物适用增值税税率为9%，则扣除率为9%。
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